Gene Ontology

Gene Ontology is een project bioinformatic daad te verenigen de beschrijving van de kenmerken van de genen in alle soorten.

In het bijzonder wil het project:

  • Het handhaven en ontwikkelen van een gecontroleerde woordenlijst ontworpen om de genen en genproducten voor elk levend organisme te beschrijven;
  • Annoteren genen en genproducten, en deze gegevens te verspreiden;
  • Bieden gereedschappen voor eenvoudige toegang tot de gegevens van het project.

Gene Ontology is onderdeel van een groter project van de indeling, de Open Biomedical Ontologies.

Geschiedenis

De Gene Ontology project werd in 1988 opgericht door een consortium van onderzoekers die het genoom van drie modelorganismen bestudeerd: Drosophila melanogaster, de Mus musculus, en Saccharomyces cerevisiae. Vele andere databanken van model organismen hebben zich aangesloten bij het project, die bijdragen aan zowel de annotatie van genen van een of meer organen, zoals de ontwikkeling van ontologieën. In januari 2008, bevatte ongeveer 24.500 GO termen van toepassing zijn op een breed scala van levende organismen. Er is een aanzienlijke hoeveelheid literatuur over de ontwikkeling en het gebruik van de GO, die is uitgegroeid tot een van de standaard gereedschappen in de bioinformatica.

Terminologie en ontologie

Het ontbreken van een universele standaard terminologie in de biologie en aanverwante domeinen, maakt de communicatie en het delen van gegevens moeilijker. De Gene Ontology project voorziet in een ontologie van gedefinieerde termen die de eigenschappen van de genproducten te vertegenwoordigen. De ontologie is verdeeld in drie gebieden:

  • Cellulaire component: het delen van een cel of het extracellulaire milieu;
  • Moleculaire functie: de belangrijkste activiteit van een genproduct op moleculair niveau, zoals binden of katalyse;
  • Biologisch proces: de acties of complex van moleculaire gebeurtenissen met een begin en een einde gedefinieerd, voor de werking van geïntegreerde wooneenheden relevant: cellen, weefsels, organen en organismen.

Elke term binnen de GO ontologie heeft een bepaalde periode, waarin een woord of reeks woorden, een unieke alfanumerieke identificatiecode, een definitie met bronnen geciteerd, en een namespace dat het domein waartoe deze behoort aangeeft kan zijn.

De termen kunnen ook synoniemen, die zijn ingedeeld precies gelijk aan de naam van de term. Ontologie GO is gestructureerd als een gerichte acyclische grafiek, en elke term heeft betrekkingen met een of meer termen in hetzelfde domein, en soms andere domeinen gedefinieerd. De woordenschat GO is ontworpen om species-neutraal te zijn, en bevat bepalingen in prokaryoten en eukaryoten, een- en meercellige organismen.

Ontologie GO is niet statisch, en de toevoegingen, correcties en wijzigingen worden voorgesteld en drong er bij de leden van de onderzoeksgemeenschap, alsook door degenen die direct betrokken zijn bij het project GO. Zo kan een gebruiker een specifieke term te vragen om een ​​metabole route vertegenwoordigen, of een deel van de ontologie kan met de hulp van deskundigen van de Gemeenschap worden herzien. Voorgestelde wijzigingen worden beoordeeld door de redactie van het project, en geïmplementeerd, naargelang het geval.

Het bestand ontologie GO is gratis beschikbaar op de website van GO in een aantal formaten, en kan online worden bekeken met behulp van de browser GO Amigo.

Voorbeeld van GO termijn

Bron:

Aantekening

Het genoom annotatie is het proces van data-acquisitie product van een gen, en het gebruik van termen van ontologie annotaties Go Go te doen. De leden van het consortium hebben hun GO annotaties voor de integratie en de verspreiding op de website gaan, waar ze kunnen worden gedownload of bekeken online met behulp van Amigo. Naast het genproduct en de relevante GO term, GA aantekeningen de volgende gegevens:

  • Referentie: de bron wordt gebruikt om de plaat te maken
  • Bewijs code geeft de aard van de gegevens waarop het record
  • De datum en de maker van het record

Annotatie voorbeeld

Bron:

(0)
(0)
Commentaren - 0
Geen reacties

Voeg een Commentaar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tekens over: 3000
captcha